L’herbier ALF du CIRAD

L’herbier du CIRAD

Historique

L’actuel herbier du Cirad provient initialement de l’ancien herbier de l’IEMVT (Institut d’Elevage et de Médecine Vétérinaire Tropicale) débuté dès les années 50. Il était un des outils privilégiés des agrostologues pour étudier et comprendre les pâturages sahéliens. Ainsi le cœur de la collection est particulièrement riche en Poacées et Fabacées d’Afrique soudano-sahélienne. Depuis, cet institut a fusionné avec d’autres pour devenir le CIRAD et l’herbier s’est enrichi sur des thématiques nouvelles : malherbologie (étude des adventices de cultures), écologie forestière, agroécologie, ethnobotanique… pour devenir une infrastructure de recherche riche et accessible à tous.
L’herbier est actuellement piloté conjointement par 5 unités de recherche : Selmet, AMAP, F&S , Aida, AGAP

Les collections

L’herbier renferme au total près de 70 000 spécimens, dont 60 types, qui représentent près de 5 500 espèces. Il est composé de différentes collections. Il est référencé dans l’Index herbariorum sous l’acronyme ALF.

La principale est l’herbier général qui se compose de près de 50 000 spécimens. Cette collection est assez spécifique de la zone tropicale sèche africaine depuis la Mauritanie jusqu’à la Mer Rouge. Bien que représentative, en particulier, des steppes et savanes des domaines soudanien et sahélien, elle inclut également des plantes, herbacées et ligneuses, du domaine guinéen. La base de la collection a été réalisée à partir de travaux et recherches conduits sur les grandes zones d’élevage et de transhumance de l’Afrique. L’Herbier général contient, de plus, des spécimens en provenance d’Afrique australe (surtout du Zimbabwe), du Moyen-Orient et de divers autres pays. Près de 50 pays sont ainsi représentés dans la collection qui a été construite par le travail de plus de 300 collecteurs, aussi bien du Nord que du Sud. L’herbier est, aujourd’hui encore, régulièrement enrichi par de nouveaux spécimens. Des échantillons, collectés au cours de récentes missions, permettent d’étendre les régions géographiques couvertes par l’herbier et d’augmenter le nombre d’espèces de la collection.

En 1995,l’herbier Amatrop a rejoint les collections du Cirad. Il s’agit d’un herbier de Malherbologie tropicale réalisée par Thomas Le Bourgeois et Pascal Marnotte est dédié spécifiquement aux adventices des cultures tropicales. Cette collection a été initiée au cours des années 1970 par l'Institut de Recherche sur le Coton et les Textiles exotiques et elle est encore régulièrement enrichie. Cet herbier compte près de 7000 parts portant sur 2650 espèces et provenant de différentes régions du monde tropical (principalement Afrique de l'Ouest et Afrique Centrale, Océan Indien, Asie et Caraïbes). Cette collection comprend également 25000 photos, un semencier de plus de 1000 échantillons, et 212 planches botaniques dessinées. Elle est en relation étroite avec le portail collaboratif WIKTROP.

Nous conservons aussi des herbiers liés à la Xylothèque du Cirad dont l’herbier du CTFT (Centre Technique Forestier Tropical), l’herbier du Massif de l’Ennedi de Gillet et une carpothèque de plusieurs milliers de graines tropicales.

Accès aux données

L’herbier du Cirad est en cours d’informatisation, près de 30 000 occurrences sont déjà accessibles dans la base de données à travers le site web.
De plus, plus de 35 000 planches ont été numérisées en haute définition dans le cadre du projet eReColNat, ces scans ainsi que plusieurs millions d’autres sont accessibles librement sur le site du projet.

Travaux de recherches

L’herbier est une infrastructure à la disposition de toutes les unités du Cirad mais aussi aux autres partenaires. Des travaux de recherches sont en cours sur des sujets aussi diversifiés que la génétique, la malherbologie, l’ethnobotanique ou encore l’étude des impacts du changement climatique.
Nous menons aussi des recherches sur l’usage de la Spectrométrie Proche InfraRouge (SPIR) pour réaliser des analyses chimiques non-destructives sur les spécimens d’herbiers.

La base de données Flotrop

Présentation

La base de données FLOTROP publié par le CIRAD SELMET contient environ 340 000 occurrences d’observations de plantes dans le nord de l’Afrique tropicale dans des écosystèmes ouverts (pâturage de savane et steppe). Elles ont été collectées par plus de 200 auteurs du Cirad et de leurs partenaires à l’occasion d’une multitude de projets aussi bien de développement que de recherche. Le partage de ces données est donc aussi un hommage au travail historique de ces acteurs. Depuis les années 1990, elles ont été regroupées et numérisées par Philippe Daget, écologue du CNRS détaché au Cirad, puis récemment nettoyées par Simon Taugourdeau en partenariat avec Tela Botanica et le Conservatoire et jardin botanique de Genève. Le projet Flotrop a pour objectif de rassembler cette important ensemble de données, d'en homogénéiser la présentation et la nomenclature, d'intégrer le corpus ainsi réuni dans une banque de données qui puisse ouvrir la voie à des synthèses. Ces observations constituent la base de données la plus importante sur la répartition des plantes dans la région du Sahel.

Publications et données

Cette base est téléchargeable librement depuis le site du GBIF où elle a fait l'objet de la publication d'un dataset en décembre 2018.
La publication de la base a fait l’objet d’une publication dans Scientific Data, accessible ici : https://www.nature.com/articles/s41597-019-0120-8